以色列警方星期三（4月5日）一早冲入位于耶路撒冷旧城圣殿山的阿克萨清真寺，并向聚集在清真寺内外的巴勒斯坦年轻人投掷震撼手榴弹，而巴勒斯坦年轻人则投掷石块和鞭炮反击。加沙的巴勒斯坦武装分子用火箭袭击以色列南部地区加以回应，导致以色列频频发动空袭作为报复。
此次冲突由于发生在巴勒斯坦人和犹太人两大节日正在进行或开始之际，因此令人担心流血暴力有可能进一步全面升级。穆斯林正在庆祝斋月节（Ramadan），而犹太人将于星期三晚间开始庆祝逾越节（Passover）。
以色列警察4月5日进入耶路撒冷阿克萨清真寺内。
阿克萨清真寺所在的旧城圣殿山对犹太人和巴勒斯坦人而言都是圣地。阿克萨清真寺是穆斯林的第三大圣地，通常在斋节期间都会挤满朝拜者。而对于犹太人而言，圣殿山也是犹太教最神圣的地方，犹太人的耶路撒冷圣殿就位于此处。犹太人和巴勒斯坦人有关圣殿山的争议过去曾多次引爆流血冲突，最近的一次冲突就是以色列与治理加沙的哈马斯武装分子之间延续11天的战争。
自从斋节3月22日开始以来，许多穆斯林崇拜者一再试图在清真寺过夜，而这一情况通常会在斋月的最后十天才能获得允许。以色列警方每天晚上都会进入清真寺将寺内的人群驱离，这就常常与希望留在寺内一直祷告到天明的巴勒斯坦年轻人发生冲突。
由于犹太人中的极端民族主义分子呼吁在圣殿山清真寺的场地举行模仿古时在逾越节宰羊祭祀的活动，此举更是给警方与留守清真寺的巴勒斯坦年轻人之间的冲突火上浇油。以色列政府禁止在圣殿山清真寺的场地进行宰羊祭祀的仪式或活动，但是犹太人极端分子的呼吁让巴勒斯坦人担心以色列正在图谋控制清真寺的场地。
星期二晚间，在大约八万巴勒斯坦人在清真寺参加祷告活动之后，好几百年轻人把自己封闭在清真寺内继续进行通宵达旦的祷告。其中一些人表示，他们决定在清真寺内坚守，以防止犹太人在清真寺场地上进行宰羊祭祀活动。在这些年轻人一再拒绝离开之后，警方便破门进入清真寺，并使用警棍袭击了清真寺内的巴勒斯坦人。
以色列警方表示，“有几位违法的年轻人和戴着面具的鼓动者”将鞭炮、棍棒和石块带进了清真寺，高呼侮辱性的口号，并将清真寺的大门反锁。
“在多次和长时间劝说无效之后，警方被迫进入清真寺场地，”美联社引述警方的话说。警方还表示，一位警察腿部受伤，而大约350名巴勒斯坦人被逮捕。被释放的巴勒斯坦人则表示，他们获释有一个条件，那就是在未来一个星期不能再进入清真寺或清真寺所在的旧城。
据美联社报道，截至星期三早晨，圣殿山的冲突已经逐渐平息。一位不愿具名的巴勒斯坦官员告诉美联社，巴勒斯坦执政当局已经在和埃及、约旦、美国以及联合国官员进行联络，希望降低当地的紧张局势。
美联社引述巴勒斯坦红新月会的话说，暴力事件导致50人受伤。以色列军方则表示，在被占领的西岸，有一位以色列士兵遭到枪击。
美联社表示，大批巴勒斯坦人聚集在耶路撒冷一处警察局的周围，着急地等待他们被捕的亲人被释放，许多被捕的人衬衣上沾满了鲜血，还有些人的腿上绑着绷带，一瘸一拐地走出拘留所。
从拘留所中被释放的人指责警方使用警棍、椅子以及其他他们伸手可得的东西殴打包括妇女和儿童在内的巴勒斯坦人。而巴勒斯坦人也通过施放鞭炮或投掷石块作为反击。在清真寺门口，警察使用震撼手榴弹和橡皮子弹驱离聚集在那里的年轻人。
美联社说，以色列警方表示，他们无法立即证实有关警方殴打巴勒斯坦人的报道或视频。
接受美联社采访的一位来自东耶路撒冷的19岁男青年阿明·里舍奇（Amin Risheq），掀起自己血迹斑斑的衬衣，向他的妈妈展示他被打得又青又紫的后背以及缠着绷带的胳膊。他说，他曾被一枚催泪弹的弹体击中，后来被警方殴打后又被强迫与其他几十位其他人一起躺在清真寺的地上，而且双手还被绑在身后。这位年轻人表示，他被押往警察局之后，在超过六个小时中，没有被允许上厕所、接受医疗照顾或喝水。
“他们把我们当牲口，”这位年轻人说。