台湾政府也是南中国海主权声索方之一，不过长期以来，在北京的遮盖下，台北一直被排挤在纠纷边缘。如今，随着菲律宾把北京的主权声索告到海牙国际冲裁法庭，台北试图公开宣示自己的主张。
前台湾海军总司令、退役上将苗永庆还是一名年轻军官时，曾参加过南中国海巡逻，在伊图阿巴（Itu Aba）岛停留，也就是中文所说的太平岛。
他说：“就是我毕业以后的第二年、民国55年(1966年)，那个时候我是‘太和’军舰的少尉舰务员，我们那个船奉命到南沙，去竖立国界碑，因为那个时候据说菲律宾已经把我们很多岛屿的国界碑都砍掉了。”
苗永庆说，那次巡航并没有跟其它声索方发生摩擦，不过，跟当初一样，宣示台湾的主权在如今也同样重要。
他说：“任何一个国家对它的固有领土都是百分之百坚持的，而且我们是有充分的历史依据的。”
太平岛处在台湾主权声索的核心，岛上如今有一座简易机场，还有军事和气象设施。不过，跟中国的人工岛不同，太平岛设施不是建立在填海造地的基础上。
在菲律宾继续用国际法挑战中国主权声索之际，台湾总统马英九有可能在12月某个时候视察太平岛。
在台湾国立清华大学任职的前美国外交官司徒文(William Stanton)说，台湾将会密切关注此案，因为台北跟北京有着共同的主权声索。不过他表示，台北比北京更有可能尊重裁决。
他说：“鉴于台湾更愿意遵守国际法，---虽然台湾不是联合国成员，但一般会遵守联合国决定，这将把台湾置于更困难的位置。”
台湾的主权声索也是1月总统大选的一个议题。
在野党候选人蔡英文有望获胜，她提议跟其它主权声索方举行对话，包括中国。
有些人建议蔡英文应该彻底放弃九段线或者11段线。另外一些人说，台湾应该采取务实态度，只关注已经在台湾控制下的小岛。
台湾战略学会的王昆义教授说，蔡英文很难既宣称拥有南中国海主权又推动她的南进政策。南进政策是希望加强与东南亚国家的关系。
“宣示南海主权实际上应该是中国大陆处理的事情，”王昆义说，“台湾应当承认自己是个小国，没有实力处理这种问题。”
司徒文说，如果蔡英文当选，台湾在范围广泛的问题上都会重新考虑自己的政策，不过，优先的议题还是岛内经济、失业问题以及海峡两岸关系。