星期五（1月24日），台湾又新增2个确诊案例，使得确诊总数达到3例，患者都是来自武汉。这个新型冠状病毒的疫情快速扩大，使台湾参与世卫组织的问题再度被搬上台面，台湾政府和美国官员都呼吁世卫组织排除政治考量让台湾参与世卫相关会议与活动。不过北京当局坚持，在一个中国原则下台湾的国际参与必须通过两岸协商来安排。
有分析人士认为，在最近台湾选举中立场倾向独立的民进党总统蔡英文赢得连任继续执政，北京当局对台湾的国际空间只会更加限缩，不会放松，即便是在涉及公共卫生和全球防疫的议题上。
美国德州圣托马斯大学国际研究中心教授叶耀元在接受美国之音采访时说，尽管将台湾排除在世界卫生组织外可能影响它对武汉肺炎的防疫工作，但可以预期的是，北京“一定会想办法扼杀台湾的国际能见度。”
叶耀元说，台湾无法参与世界卫生组织，“在防疫的情资上它没有办法跟很多国家分享它的资讯，当其他国家有个别案例时它通报出去，台湾也不会接收到这个讯息，所以变成有时候你在你的机场或其他防疫检查站做的动作，相对来讲可能会比其他国家慢了一步，那这对于台湾来讲当然是一个潜在的危机。”
由于中国的因素使台湾无法参加世界卫生大会(WHA)或正式参加世界卫生组织，叶耀元说，如果台湾想回到这些组织就必须有另外的势力来与中国抗衡，而事实上美国国会也有议员在推动法案，让台湾以观察员身份重回世界卫生大会。他说，当中国连结一些国家来压迫台湾时，台湾为抵抗这种压迫也“必须找其他的盟友来帮它讲话。”
不过从整个世界局势来看，叶耀元说，把台湾排除在世界卫生组织外对大多数国家也没有好处。“假如台湾自己有疫情它也不用跟你通报，那怎么办？今天疫情已经延散到台湾了，台湾也不需要告诉你状况是什么。这等于说你让世界的防疫管道出现一个缺口，让整个防疫工作相对不够有效率，所以把台湾挡在WHO外面对整个世界都是一个损失，”他说。
世卫组织这个星期在日内瓦针对疫情举行2天紧急会议，但是台湾没有受邀参加会议。世卫组织(WHO)说，该组织与“中国台湾”的“技术伙伴”保持密切合作。
星期四，在世卫组织结束两天紧急会议后的记者会上，《日本经济新闻》记者问到，“台湾因政治因素被排除在WHO外，但病毒的传播没有国界，我想了解，在这个案例上世卫组织如何与台湾当局合作？世卫组织是否考虑重新接受台湾作为成员或作为防范此疾病的伙伴，以便能在公共卫生议题上交流信息？”
WHO紧急项目执行主任瑞恩(Michael Ryan)答复说，“我们与中国台湾的技术伙伴们保持紧密合作，” We work very closely with technical partners in China, Taiwan.而且过去就已经这么做，在2003年的萨斯(SARS)疫情发生期间，世卫组织也提供台湾技术上支援，“没有人会在那种情况下拒绝提供公共卫生的协助。”Nobydy will deny necessary public health assistance in that kind of situation.
瑞恩说，他相信台湾当局与中国大陆有紧密的合作，“我认为他们有共同任务和共同方式来做出反应，所以从我们的角度而言我会这么说，就是中国的省份之间有技术合作，这些省份在寻求世卫组织的协助时，也通过世卫组织与其成员国的正常程序和过程来和世卫组织合作。”
"I believe authorities in Taiwan are working very close with China in the mainland, there have been joint missions and joint approaches to the response, so I would characterize, from our perspective, that there is technical cooperation going on between provinces in China and between WHO and any of those entities that seek our assistance through the normal procedures and processes of WHO and the member states."
星期二台湾确诊一个新型冠状病毒案例，不过世界卫生组织将台湾的病例列在中国之下，引发台湾政府的抗议。
台湾外交部在一个声明中说，WHO是国际卫生专业机构，“理应拒绝政治压力”，落实其宪章所明订“致力于全人类最高健康水平”宗旨，但是该组织却“一再配合中国蛮横无理要求，将虚构的‘一个中国原则’作为将台湾纳入全球防疫体系的前提条件”，台湾政府对此表达最强烈抗，也呼吁WHO秉持专业，邀请台湾专家出席对抗新型冠状病毒的所有会议。
中国外交部发言人耿爽在星期三的记者会上说，“没有人比中央政府更关心台湾同胞的健康”，并强调台湾的国际参与必须在一中原则下通过两岸协商来安排。