在2006年亚太经合会部长会议的会前会上，中国和台湾的代表针对亚太自由贸易区(FTAAP)的发展进行了交锋。
中国商务部副部长易小准表示，亚太自由贸易区只限于主权国家签署。台湾经济部长陈瑞隆回应指出，所有世界贸易组织的会员都有权和任何其他会员洽签自由贸易协定(FTA)。
*边缘化压力*
台湾政治大学金融系教授殷乃平认为，台湾积极推动亚太自由贸易区的主要原因是，希望纾解被东盟加三和东亚经济整合所带来的边缘化压力，
殷乃平说：“我们也看到，中国和周边国家和地区、像香港，都签了更紧密经贸关系安排(CEPA)，和亚协、就是东南亚国协这十个国家也在朝这个方向走，如果整个亚洲都变成一个贸易区，就是变成一个区块的时候，而台湾不在里面，当然对台湾来说会是很大的损失，经济上等于是被隔离在外了。”
*主权、主从关系*
殷乃平教授还说，尽管中国方面会不断的以主权作为理由阻挠台湾加入国际组织，但是台湾方面仍然会极力的争取。他说：“因为像香港更紧密经贸关系安排(CEPA)的协定，也一样能解决台湾的问题，只不过这中间还是牵涉主权、主从的关系，所以未来亚太自由贸易区会发展成什么样的结果，目前都还太早，无法论定。”
台湾经济部长陈瑞隆表示，各会员体都认同多边架构是最重要的，如果在多边架构下签署高品质并且符合世贸组织规范的自由贸易协定、区域自由贸易协定，将更符合贸易自由化的目标。
*规避两组织精神*
不过，殷乃平教授表示，世贸组织和亚太经合会都是非常好的交流沟通管道，不过碍于政治原因，两岸似乎都在规避这些组织的精神。他认为，最终还是需要双方坐下来谈，才有可能解决相关的议题。
殷乃平说：“很多的经济问题，最后都面临要坐下来好好的谈，可是到目前为止，双方都没有办法能平心静气的来谈所谓主权交错、重叠、运作的这一部份。要用什么方式来处理，我想未来迟早双方都要坐下来的，只不过不知道是什么时候了。”