印度尼西亚当局就台湾总统陈水扁在印尼巴淡岛过境加油期间过夜并出席活动一事向中国做出了全面解释，并且强调印尼继续奉行“一个中国”的政策。
*全面解释*
路透社说，印度尼西亚驻中国大使苏德拉查5月15日在印尼首都雅加达与印尼总统尤多约诺会晤后对记者说，台湾总统陈水扁在巴淡岛的过境事件“干扰了中国的利益”，但是印尼已经就所有事件经过向中国方面做出了全面解释。
苏德拉查大使并没有透露对中方的“全面解释”内容。但是，路透社报导说，印尼方面认为，台湾方面仅仅申请并且获得了过境加油的许可，时间大约是两个小时左右，过境许可并不包括过夜停留和会晤当地政要。
*坚持一个中国政策*
新华社报导说，在陈水扁过境的第二天，陪同尤多约诺总统前往巴厘岛开会的印度尼西亚政治与安全事务统筹部长维多多对媒体说，台湾方面的过境活动明显不符合对过境的技术需求。他当时说：“总统今天上午已经打电话给寥内省省长，让他汇报飞机抵达巴淡岛期间技术需要以外的活动”，并对省长给予口头警告。
他还说，印尼“坚持一个中国的政策”。针对陈水扁过境期间还参观了几家公司的报导，维多多说，这容易引发对印尼外交政策的误解。