第一架载有200多名武汉台商的包机2月3日夜间返台后，台湾方面继续以包机撤离滞留台商的工作因为两岸沟通管道中的政治问题陷入僵局。而第一架返台包机后，也传出乘客成员与先前名单不符的消息，其中一名乘已经确诊身患武汉肺炎（2019新型冠状病毒）。
中国国台办6日晚间发声明，指责台湾方面政治操作，让第二批台商的返台包机迟迟不能成行。声明说，原订5日和6日运送890名台胞返乡，因为台湾方面声称收容能量有限，故意拖延。
而台湾方面则不满第一批包机返回的乘客中包含了无台湾籍的大陆配偶，也不符合此前台方提出的弱势优先名单。
台湾行政院发言人谷辣斯·尤达卡（Kolas Yotaka）6日转述行政院长苏贞昌当日上午在行政院会中的指示，针对台商包机回台的中出现的问题表示，整体事件“完全走样，下不为例”。
苏贞昌强调，包机要“政府对政府磋商，至少海基会对海协会”。
不过，分析人士认为，在包机事务中设置太多政治框架，会让武汉台商撤离安排难以有效展开。
台湾时评人士陈淞山对美国之音说：“两边政府单位都太多政治考量，目前是陷入僵局，所以台商撤离的这个部分应该要按照既有管道去做沟通，不要设太多的框框架架。”
他说：“现在反而是硬碰硬的情况……疫情还是要以滞留大陆的台商健康为最大考量，不要太多政治设限。”
观察人士认为，中国大陆不认同台湾提出的一些包机要求，例如不同意台湾方面出动中华航空班机接台商返台、反对使用“撤侨”字眼。第一批台商包机返台最后乘坐的是大陆的东方航空飞机。
第一架包机返台后，台湾总统蔡英文向大陆释出善意。她4日在社交媒体发文说：“对于对岸在台湾人民返乡过程中给予的协助，我们表示肯定。两岸之间尽管有不同的政治主张，但疫情当前，人权与人道，应该优先于政治的考量。我们也谢谢双方共同努力完成这次作业的所有单位和人员。面对挑战，对话与合作永远是解决问题最好的方法。”
自民进党政府2016年上台以来，中国大陆切断了国台办对陆委会、海协会对海基会的正式联系管道。大陆各地的台商协会在两岸许多事务中扮演沟通协调的角色。
陈淞山认为，包机中只要出现双方“对等”信号，就会触动了中国政府的神经，双方此时都需要作出妥协。他说：“我们派去撤侨的班机，我们要在现场直接进行身份验证，在大陆来讲的话，这是干涉它的治权，这是会产生冲突矛盾的地方，所以台湾也应该做妥协式的调解；大陆方面也应该不要过于坚持不让海基会或台湾的卫生单位做处理……两边都要妥协，让对方有台阶可以下。”
台湾行政院还强调，在台商包机事务处理中“不容许任何中间人居间处理，招摇邀功”。
台湾媒体报道说，湖北省台办在乘机人名单中安插了“非优先人选”，让本应由武汉台协主导的名单让大陆台办拍板。而在此次包机风波中，自称协调名单安排的台北市家长协会总会长徐正文成为了众矢之的。徐正文是国民党中央委员，曾有“北京市政协港澳台侨工作顾问”的经历。国民党6日傍晚宣布，停止徐正文的党权，未来还将对其进行后续审议。
截至2月6日下午4点，台湾境内共有16名确诊武汉肺炎病例，皆为境外移入，未出现本土社区感染情况。分析人士陈淞山认为，台湾目前除了口罩短缺问题外，其余的疫情应对措施得当，好于中国周边国家，尚有能力协助中国大陆在医疗设备和医疗专业人员方面对抗疫情。
他强调： “大陆要开口。大陆如果不开口，我们很难说我给你这些要不要。大陆如果开口请求协助的话，我相信政府应该会提供这方面的帮助。”
