随着有关北京在南中国海有争议水域填海造岛的摩擦再起，以及美国新总统唐纳德•川普有意挑战中国在亚洲的影响力，中国与菲律宾刚有起色的两国关系再一次面临考验。中国与菲律宾在南中国海有主权争议。
菲律宾与中国的主权争议以及美国新政府上台将给菲律宾总统杜特尔特在不疏远美中任何一个国家、也不放弃海洋主权声索的前提下平衡菲律宾与美中两国的关系带来挑战。
杜特尔特去年六月上台以后，搁置了与北京在南中国海主权声索问题上的多年纠纷，并在十月份与中国国家主席习近平会面。然而两人会面两个月之后，菲律宾政府就针对北京在有争议的斯普拉特里群岛（中国称南沙群岛）地区的造岛行为向中国政府提交了表示温和抗议的照会。杜特尔特前不久在马尼拉会见了中国外交部副部长刘振民。
澳大利亚莫纳什大学研究国际法的副教授道格拉斯•吉尔福伊尔说：“这在某种程度上强调了斯普拉特利群岛（中国称南沙群岛）的主权争议是关乎菲律宾国家利益的重大问题。尽管在杜特尔特访华之后两国关系有向好发展的势头，但不能据此就简单地认为菲律宾为了与中国搞好关系就会将两国间的主权争议问题一笔勾销，中国就可以一切如愿以偿。”
菲律宾媒体报道，菲律宾总统发言人欧内斯托•阿贝拉表示，菲律宾将在增进与中国关系的同时，继续坚持在南中国海的主权声索。
杜特尔特去年十月访问中国与习近平会面时，中国承诺向菲律宾提供总额240亿美元的援助和投资，并且两国都同意搁置海洋主权争议。那次会面是菲中两国关系发展的分水岭。
菲律宾外长雅塞表示，菲律宾政府去年12月就中国看来在南中国海地区人造岛礁上部署武器设施的行为向中国驻菲律宾使馆递交了抗议照会。中国在斯普拉特利群岛地区控制7座岛礁或岛礁，菲律宾控制9座。斯普拉特利群岛岛链中的大部分位于菲律宾的专属经济区内。
分析人士说，中国预计将友善地处理这次抗议。菲律宾提出的此次抗议直到今年一月才公布，这一举动暗示了马尼拉试图让此次抗议保持低调。还有专家认为，中国很可能对杜特尔特去年十一月份提出的在主权有争议的斯卡伯勒浅滩（中国称黄岩岛）地区设立海洋保护区的提议感到不满，但一直忍而不发以保持两国关系的新发展。
只要不牵扯其它国家或阵营从，中国愿意私下与杜特尔特政府就南中国海主权协商。北京一直在通过单独对话与承诺援助或投资的方式与亚洲其它较小的国家打交道。
菲律宾大学迪里曼校区的政治学者赫尔曼•卡拉夫特说：“我觉得，从中国的角度来看，南中国海问题需要协商，不需要单边行动。菲律宾的抗议举动可能让中国当局有点意外。只要不是多边协商，我想中国政府愿意接受通过协商途径应对南中国海主权争议。”
对中国感到不满的较小国家如果通过诸如东盟十国集团这样的组织联合起来，将会增强他们的影响力。
菲律宾前总统阿基诺三世将中国政府告上海牙仲裁庭，仲裁庭七月做出裁决，认定北京对南中国海95%的地区提出的主权声索不具有法律基础。中国当局拒绝接受这一裁决。
南中国海有丰富的渔业资源，并且可能蕴藏有大量的化石燃料。文莱、马来西亚、台湾和越南都对南中国海的全部或部分地区提出主权声索。
一个菲律宾政府部长级代表团星期二在北京与中国国务院副总理汪洋会面。双方就投资协议以及菲律宾担任2017年东盟轮值主席国的事宜进行会谈。此外在另一个亲北京的举动中，东盟没有将南中国海问题纳入今年的议程。
如果美国参与，菲中两国关系将面临更为棘手的局面。有迹象显示，美国的川普政府准备与马尼拉发展更为强有力的军事合作关系。
美国在亚洲地区长久以来都是制衡中国军事力量的国家。在应对北京的海洋扩张的问题上，美国近期还与亚洲一些较小的国家结为盟友。华盛顿谋求保护南中国海地区海上航运通道并且维护与亚太地区盟友的联系。
