2009年，马来西亚全国法特瓦委员会，也就是马来西亚全国最高的伊斯兰理事会，要求全国穆斯林妇女接受外生殖器切割，也就是女性割礼。最近的一项研究表明，几乎所有马来西亚穆斯林妇女都接受了这个手术。现在，联合国正在与该理事会进行合作，意图废除这项要求女性必须接受割礼的规定。
正在与马来西亚全国法特瓦委员会进行磋商的政府卫生官员说，这个全国最高宗教组织要求所有穆斯林妇女接受割礼的规定可能将被推翻。
世界卫生组织将所有对于女性生殖器的切割定义为身体切割，并且根据严重程度将其分为四类。世卫组织禁止各种类型的身体切割。
卫生官员表示，在马来西亚实行的微创型生殖器切割属于世卫组织分类中的第四类，这是在阴蒂上用一根针穿孔，并在婴儿时期进行，一般认为对妇女未来生活没有或只有微弱的健康隐患。
2009年公布的解释伊斯兰法律的法特瓦表示，在“不伤害妇女的前提下”，所有妇女都需要接受女性生殖器切割。但是国际卫生官员说，即使是在马来西亚进行的这种伤害轻微的割礼，都仍然会产生伤害。
在马来西亚首都吉隆坡为联合国人口基金会工作的萨伊拉·沙欣说，卫生官员在试图与法特瓦委员会合作，使这个有影响力的宗教机构的决策能够符合世卫组织的要求。
沙欣说：“我们一直在与他们合作。而法特瓦并没有规定这个操作应当是如何进行的。这给了我们一个途径，将这个医疗操作程序定义为一个非侵入式的无害程序，从而改变切割女性生殖器的传统。”
传统接生婆往往在家里进行这个程序。但是，医生现在被要求在无菌的环境下进行这个手术，他们又不想违背马来西亚医学协会的建议，因此陷入两难境地。沙欣说，卫生部门官员希望能够由产科医生在婴儿出生时，使用干净的酒精棉球定期为生殖器消毒来代替割礼，而宗教当局则希望完全推翻这个法特瓦中的这个要求。
法特瓦没有规定男性实行割礼。在马来西亚，宗教机构要求男孩在一定年岁以后接受这项手术，并且要举行公开的仪式。
2012年马来西亚卫生官员进行的一项研究表明，有93%的穆斯林妇女接受了这项操作。这使得马来西亚与索马里和苏丹等东非国家一样，排在妇女割礼最普遍的国家之列。
这项研究没有提供切割大小的系统性数据，研究人员说，马来西亚接生婆一般会从阴蒂处切除，范围是“半个米粒大小”。
即使是在马来西亚社区中，人们仍然对伊斯兰教义是否要求这项操作存有辩论。人类学家认为在东南亚一些地区，这项操作在伊斯兰教传入之前就存在了。
在2012年的调查中，回应者表示进行割礼的原因包括宗教责任、私处洁净和控制妇女性欲，并且认为这将提高男性性满足感等等。世卫组织称，这些原因显示这项操作出于根深蒂固的性别歧视。
联合国人口基金会的沙欣说，马来西亚普遍的健保系统意味着，接受割礼的妇女不会面临那些非洲妇女普遍面临的威胁生命的并发症的威胁。
尽管要求法特瓦废除这项规定程序的会谈一直在继续，谈判者说，目前还没有达成决定的日期。
世界卫生组织预测，有全世界有1亿到1.4亿女性接受了割礼，每年在非洲都有300万女孩面临接受切割的命运。
