台湾总统马英九说，如果未来推动两岸和平协议，一定会先交付人民公投。民进党抨击马英九关于不排除和中国大陆签定和平协议的言论，还拿当年中国政府和西藏的协议做类比。马英九反驳说，这是矮化台湾。
马英九总统在10月20日的记者会上，把“公投批准”作为推动签署两岸和平协议的新条件，还重申三项前提，就是“国家需要、民意支持与国会监督”。他还宣称：“‘黄金十年’的规划当中，我们并没有说十年内一定要签，我们强调的是十年内我们不能回避。因此我们并没有设定任何的时间表。”
在这之前，民进党主席蔡英文说：“他(马英九)在一个中国的前提下，又有一个时间表，一个十年的时间表，要推动一个台湾社会台湾社会具有高度争议性的事情。这会让很多对马总统感到忧虑不安的民众更加忧虑不安。”
蔡英文竞选总部主任委员苏贞昌也说：“在一中的前提下来谈什么两岸和平协议，那根本没有什么和平可言。不能自己一下子就说要签协议，甚至订出十年的时间表。”
而马英九说：“如果未来要推动两岸和平协议，一定会先交付人民公投，公投没有过，我们就不会推动签署两岸和平协议。”
蔡英文10月19日在记者会上表示，西藏和中国签署和平协议，却带来数十年的政治和武力压迫，中国不是民主国家，是否和中国签署协议，不应忽略其中风险。
对此，马英九反驳说：“很遗憾的是，民进党提出西藏与中国大陆在1951年所签的‘中共中央政府与西藏地方政府关于和平解放西藏的办法协议’，我觉得这样的比喻实在是不伦不类，把台湾比作西藏，真的是不知所云。”
马英九接着表示，那个协议“是中共以‘中央政府’对‘地方政府’的态度所签的协议，而且使用‘解放’二字，怎能做为我们与中国大陆签署和平协议之比较呢？我认为这是一种严重自我矮化的行为”。
蔡英文对此回应说，真正矮化台湾、把议题国内化的是马总统。 竞选总统的蔡英文还表示，极权国家最大的风险就是政策不稳定，中国随时可以推翻协议，如果他们和西藏的协议可以推翻，马总统如何保证他和中国所签订的协议不会被中国推翻？
曾在民进党政府担任高官的吴钊燮表示，两岸和平很容易，只要中国停止对台湾敌意及军事威胁等作为就能做到，根本不需要签署协议和公民投票。
有些反对派人士指责马政府出卖台湾和促进与中国大陆的统一，对此，台湾陆委会主任委员赖幸媛澄清说，审议和斟酌推动两岸商签和平协议，是站在台湾立场，巩固不统、不独、不武的台海现状，并不是终极统一。
