格尔登寺为藏传佛教格鲁派寺院，在大小共三、四十座格尔登寺当中，位于青藏高原上的四川阿坝州格尔登寺是目前两大主寺之一。另一座主寺在印度达兰萨拉。
最早的格尔登寺建于公元15世纪。第一世格尔登仁波切(“仁波切”汉语俗称“活佛”)是藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴大师的弟子。一世达赖喇嘛和一世班禅喇嘛都是宗喀巴的弟子。
阿坝的格尔登寺始建于1870年，在阿坝县城外大约1公里，占地面积约1.8平方公里，建筑规模颇为壮观。寺内据说有两千多名僧人，既包括被中国官方批准入寺修行的喇嘛，也包括大批自行出家的喇嘛，据报道，中国政府试图减少寺内喇嘛人数。
当今的格尔登仁波切已是第11世，本名洛桑.丹增.晋美.益西.嘉措。他在1959年逃亡印度。1990年，11世格尔登仁波切在印度达兰萨拉建立了一座格尔登寺。
2008年以来，阿坝州格尔登寺成为西藏问题热点之一。这一年的3月14日，西藏拉萨发生藏人抗议，随后演变为严重的民族骚乱。位于青海、甘肃和四川交界处的阿坝地区也发生抗议风潮和暴力事件。
3月16日，格尔登寺僧人突破寺外军警封锁，和其他藏族人一道冲上阿坝县街头，抗议期间发生暴力，警察局和一些店铺被烧。流亡藏人组织援引在阿坝的目击者的话以及从当地传出的照片说，中国军警开枪镇压，有藏人被打死。中国当局则指称格尔登寺“不法僧人挑动打砸抢烧暴力犯罪”，并宣布在寺院内查获大批枪支弹药和“分裂国家的宣传品”。
2009年2月27日，也就是藏历新年第三天，格尔登寺僧人扎白当街自焚。有藏人称警察枪击扎白。中国官方新华社的英文报道承认发生僧人自焚事件但否认开枪并指责寺院僧人说谎以吸引海外注意。新华社称，警察灭火救人，没有冲扎白开枪。
2011年3月16日，格尔登寺年轻僧人平措为了抗议当局三年来对该寺院的打压当街自焚。平措后来死亡，数以千计的僧俗民众参加了他的火葬仪式。
中国出动大批军警封锁了格尔登寺并在阿坝县城部署大量安全部队。4月21日，格尔登寺300多名僧人被军警用10辆卡车带往不明地点。4月23日，西藏流亡政府发表声明，呼吁国际社会敦促北京不要用暴力解决问题。
第11世格尔登仁波切在达兰萨拉接受美国之音藏语组采访时说，藏人的不满与“中央政府、地方政府的政策和做法”有关，中国政府应该查考原因。他还说，任何国家都无法靠暴力实现和谐，应该通过对话解决问题。
4月27日，官方新华社报道说，一位“正在请给他讲解法律知识的政府工作人员喝酥油茶”的僧人说，“格尔登寺存在各种违反教义教规的问题，我支持对寺庙进行集中教育，并希望把那些不认真念经的僧人清除出庙。”
6月8日，联合国强迫或非自愿失踪问题工作组敦促中国政府说明格尔登寺被军车带走的300多名喇嘛的下落。
6月9日，中国外交部发言人洪磊回应说，这些僧人正在接受“法制教育”。
8月，三名格尔登寺僧人被判重刑，罪名是协助平措自焚。他们分别被判处10年、11年和13年有期徒刑。
9月26日，目击者说，两名藏僧引火自焚。西藏流亡者网络“自由西藏”说，两人都是格尔登寺喇嘛。自焚前，他们呼吁宗教自由，并高喊“达赖喇嘛万岁”。有报道说，两名僧侣中一人死亡，另一人伤势严重，又有报道说，一人重伤一人轻伤。
10月3日，又有格尔登寺一名僧人自焚，受伤住院。
10月7日，位于伦敦的“自由西藏”组织说，两名不到20岁的藏族青少年为抗议中国控制宗教而自焚，他们曾经是格尔登寺的喇嘛，一人当场死亡，另一人详情不明。中国官方媒体说两人只是受了轻伤。
