台湾外交部表示，入联公投并没有改变陈水扁总统承诺的“四不”，也没有改变两岸现状。不过，美国反对入联公投，认为这是朝着宣布台湾独立，改变现状迈出的一步。
台湾外交部发言人王建业星期二就美国表示反对入联公投做出回应。他说，入联公投是民主的核心价值，和平的民意表达方式，是台湾的内部事务，并没有改变两岸的现状。
他说：“美国关心的是‘入联公投’是不是改变现状，是不是有台独倾向。我们在这里重申，我们的做法，我们不认为有违反陈水扁总统所讲的‘四不’，也没有意图要改变现状。”
星期一，美国副国务卿内格罗蓬特针对台湾的入联公投议题接受了香港凤凰电视台的采访。内格罗蓬特说，“美国是台湾最好的朋友，美国坚决支持台湾的民主。我们支持台湾的经济，我们也致力于通过“台湾关系法”来协防台湾。但是尽管如此，他强调，在“以台湾名义加入联合国”，以及“入联公投”的问题上，美国表示非常关注。他说，美国反对公投的做法，因为美国认为这是朝着宣布台湾独立和改变现状迈出的一步。
内格罗蓬特还特别提到陈水扁总统过去对美国总统，对国际社会，以及对台湾人民所做的承诺，那就是，不采取任何单方面改变现状的步骤，包括不改变台湾的正式名称。
台湾执政的民进党政府大力推动“入联公投”和“以台湾名义加入联合国”，受到中国的强烈反对，也招致了美国的不满。
美国副国务卿内格罗蓬特说，入联公投是个错误。避免任何挑衅性的举动，对台湾来说至关重要。他说，推动入联公投不是台湾当局追求台湾利益的建设性的途径。台湾当局应展现负责任的风范，应以推动台湾利益的方式行事，而不是干扰台海局势。
对于美国反对入联公投的态度，台湾外交部发言人王建业表示，将就入联公投的议题继续跟美国方面沟通，以便使美方接受台湾的想法。
他说：“美国对我们台湾的入联公投的解读是不正确的。我们对这样的解读表示遗憾。但是我们也会继续地跟美方持续的沟通。”
不过，一些观察人士认为，台湾民进党政府推动“以台湾名义加入联合国”和“入联公投”，除了要在国际上扩大台湾的影响力之外，关键的用意是把入联公投作为一种选举策略，希望以此作为操纵选民的一种竞选手段。民进党所做的民调显示，台湾目前有超过7成的民众支持“入联公投”。
