继巴里岛爆炸案之后，菲律宾三宝颜市17号上午也惊传爆炸案，台湾总统府表示，已经在第一时间掌握相关信息，官员还指出，美方事先告知近期内可能会再有恐怖爆炸行动，至于时间、地点则事先无法掌握。
台湾国安会秘书长邱义仁在立法院，面对立委询问台湾是否同样面临恐怖威胁时也指出：不无这样的可能。不过，总统府秘书长陈师孟则认为台湾发生恐怖攻击爆炸案的可能性并不大。他说：“回教在台湾并不是大的宗教。同时，过去在国内对于任何恐怖活动都管得满严，从戒严时代一直到现在，这种没有特定对象的恐怖活动，在台湾过去几乎没有发生过，所以威胁并不如东南亚回教国家那么严重。”
但是，陈师孟也强调，如果接获恐怖攻击的预警，推测有可能会以水库、电厂等地方为主，从印尼巴里岛事件来看，观光事业受到严重影响，而国安局当时获得资讯之后，已经加强了戒备，目前至少布署3万人在重要经济设施所在地，以防万一。
台湾驻菲律宾代表罗致远表示，爆炸案发生之后，经过查证，并无任何台商伤亡，至于爆炸原因，菲律宾政府正在了解当中。面对东南亚接连发生爆炸事件，外交部也提醒台湾人士在外要随时提高警觉，注意安全。外长简又新说：“当地我们现在知道是台商有5位，将近有八千到一万侨胞，那个地方不是一个观光区域，也不是旅游区，所以本部对状况，一方面请菲律宾代表处成立了紧急应变机制，和菲律宾官方保持密切联系。
台北市旅行公会表示，根据初步了解，目前大约有几百名台湾旅客在菲律宾，但是发生爆炸的三宝颜地区，位于菲律宾南岛，距离马尼拉相当远，台湾团体不会到该处旅行。此外，台湾经济部长林义夫目前正好在菲律宾访问，传出爆炸案时，一度引起经济部官员的关切与紧张，所幸经过查证之后，林义夫的访问行程是在首都马尼拉，经济部官员才放下心来。
