基地组织及其相关网络仍然是对美国及其盟国的最严重的恐怖主义威胁。这是美国国务院2008年一份报告中就恐怖主义威胁做出的评估。自2001年911事件以来，基地组织及其帮凶从阿富汗越过边境进入巴基斯坦偏远地区。他们利用山地作为庇护所，在那里藏身、训练，与其他恐怖分子进行交流，策划攻击，制定计划派出武装分子，支持阿富汗的塔利班反叛组织。
在伊拉克，基地组织虽然仍然是一个非常危险的组织，但却遭受了沉重打击。基地组织的支援系统和资金来源遭到破坏。2008年自杀炸弹攻击次数大幅减少，而这是基地组织运作能力的一个关键指标。美国反恐事务代理协调员罗纳德·施利彻说，很重要的是，伊拉克部落首领和地区领导人要继续鼓励逊尼派社区和当地民众不接受基地组织并反对他们的意识形态。
根据国务院2008年发布的恐怖主义国家报告，去年出现的热点是索马里。一个名为青年党的团体是一个与基地组织有所联系的恐怖组织。施利彻说，青年党已蔓延到索马里的南部和中部地区。索马里新组建的团结政府仍然需要更多的国际支持，以面对这方面和其他的挑战。
另外，媒体报导说，国外的极端份子已前往索马里和当地的激进分子并肩作战，他们可能变得更为激进并对国际社会造成威胁。索马里脆弱的中央政府已让索马里对恐怖主义、海盗行为、毒品问题、人权践踏和极端主义的意识形态变得极为脆弱。
在2008年，在阿尔及利亚的伊斯兰的马格里布地区的基地组织杀害了许多人。在也门，安全局势在去年随着基地组织展开数不清的致命攻击而持续恶化。
美国仍然致力于打击恐怖主义。在去年一年中，伊拉克和巴基斯坦的基地组织领导人已被打死；恐怖分子领导人被迫不断逃亡和躲藏。数十个国家通过了新的反恐法律或加强他们既有的法律。世界性打击恐怖分子财务的努力也十分成功。美国将继续在击败恐怖份子威胁的战斗中采取全面性的措施，使用包括外交、军事、经济、政治和文化上的工具。
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