在若干车臣人因为涉嫌刺杀反对派领袖涅姆佐夫被捕后，俄罗斯反对派表示不相信官方公布的车臣人作案版本。涅姆佐夫的支持者呼吁调查机构应该询问总统普京。
官方版本：个人所为
俄罗斯波罗的海新闻社星期二引述安全机构消息来源的话说，反对派领袖涅姆佐夫遇害一案没有任何幕后组织者和策划者。这起谋杀案完全是两名来自车臣内务部队“北方营”的前军官达达耶夫和沙巴诺夫个人所为。报道说，在法国漫画杂志“查理周刊”事件发生后，涅姆佐夫曾表态支持“查理周刊”记者，凶手认为涅姆佐夫侮辱了穆斯林和伊斯兰教，因此决定杀死他。
达达耶夫直到不久前担任车臣内务部队“北方营”副营长职务。在案发前夕，他以回家照顾生病母亲为由辞去了军官职务。达达耶夫和其他几名车臣人作为刺杀涅姆佐夫的嫌疑人最近几天相继被捕。
一名俄罗斯新闻记者说，在涅姆佐夫遇刺原因的众多版本中，现在仅剩下唯一的官方推出的车臣版本。官方媒体现在也开始讨论这一版本。叶利钦时代的国家杜马议员和社会活动人士奥索夫佐夫认为，车臣版本从各个方面来说都对克里姆林宫最为有利。
安全机构策划谋杀
反对派人士，前俄罗斯能源部副部长米洛夫说，他没有改变自己原来的观点，那就是俄罗斯安全机构策划了谋杀涅姆佐夫。米洛夫认为，根据多年经验，反对派领袖都被安全部门严密监视，特别在反政府抗议示威活动举行的前几天，监控程度会更加严格。涅姆佐夫被杀恰好发生在计划有10万人参加的3月1日莫斯科反政府游行的前一天。因此，没有最高当局和最高领导人的首肯和默许，绝不会在戒备森严的克里姆林宫墙外发生这起暗杀事件。
米洛夫说，总统普京的反应可以证明他的论点。因为凭借对普京执政十多年来的观察经验，如果普京不知道暗杀事件，普京的反应会非常气愤和激烈。但在涅姆佐夫被杀后，普京非常平静，仅做了一些无关痛痒的表态。
反对派人士达维吉斯说，从作案现场的复杂程度，凶手可能以为杀人之后不会受到惩罚等各个角度来分析，没有当局的参与无法完成这起暗杀事件。他说，或许车臣人扮演了枪手角色，还需有证据来证明。但当局的没有幕后策划者和组织者的说法根本不可能，因为车臣军官如果没有上级命令，根本不会独立自主作案。
车臣人感谢涅姆佐夫
达维吉斯说，当局的车臣版本站不住脚。涅姆佐夫批评过车臣总统卡德罗夫，认为车臣当局比普京政权还专制。但涅姆佐夫在“查理周刊”事件上的立场非常温和，对待伊斯兰教的评论十分谨慎，而且不少车臣人对涅姆佐夫有好感。
达维吉斯说：“在上个世纪90年代的第一次车臣战争中，涅姆佐夫当时是下诺夫哥罗德州的州长。他当时在那里收集了一百多万个签名，反对俄罗斯出兵车臣和车臣战争。”
谁是下一个目标
批评普京的俄罗斯政府前副总理科赫认为，普京当局现在把涅姆佐夫一案的注意力引导集中在车臣方向。但涅姆佐夫同车臣的关系是井水不犯河水，车臣当局没有任何理由对他动手。即使车臣人真的杀了涅姆佐夫，那也是在执行克里姆林宫的命令。
目前居住在德国的科赫说，另一名批评普京的前俄罗斯安全机构特工利特维年科在伦敦被毒杀。他并不认为目前居住在德国会有安全感，也不知道在涅姆佐夫之后，下一个被害的目标将是谁。
涅姆佐夫的支持者都对能找到杀害他的幕后策划者持悲观态度。来自民主派政党亚博卢集团的圣彼得堡市议会议员维什涅夫斯基说，普京执政以来发生的十多起轰动性谋杀案中，有的仅抓到枪手，但找不到幕后策划者，而很多其他案件根本没有侦破。
呼吁传讯普京
有影响力的反对派人士亚申呼吁俄罗斯调查部门在侦办涅姆佐夫被刺一案时应该把普京总统作为证人传讯。涅姆佐夫的友人达维吉斯认为，法律上这样做理所当然，但在今天的俄罗斯现实生活中，传讯普京不可能。
达维吉斯说：“任何一个调查人员都不会、也不敢向普京提出不方便的问题。普京很显然也不会这样做。普京会公开表示，他同涅姆佐夫遇刺无关、涅姆佐夫被杀对他不利，以及涅姆佐夫并不对他构成威胁。”
遮人耳目 把水搅浑
定居伦敦的前苏联时代著名持不同政见者和作家布科夫斯基因为批评普京当局最近几年被禁止入境。他不久前也没能恢复他的俄罗斯公民身份。布科夫斯基认为，涅姆佐夫被杀使普京当局减少了一个真正威胁。在涅姆佐夫一案上，当局抛出的版本是想遮人耳目，不让人们了解案件的真相。
布科夫斯基透露，俄罗斯联邦安全局下设有“A”局，专门利用媒体等手段散发假消息把水搅浑。利特维年科几年前在伦敦被毒杀后，这个大型机构在散发假消息时曾大显身手。
